澎湖過去因為濫捕、不肖漁民毒炸電魚和大陸漁船滾輪拖網破壞生態，導致漁業資源枯竭。澎湖縣政府與水產試驗所等單位近十年來持續復育保護，讓海洋資源再度復甦。像是澎湖縣水產種苗繁殖場，設置育苗室、種魚池、紫菜培苗室等，進行各類海水魚、蝦、蟹、紫菜及九孔等貝類之繁養殖放流業務，以增進澎湖縣水產資源，並促進養殖漁業之發展。在民國87-92年以年平均產量115萬尾、粒之種苗種類以紫菜、九孔、鯛類、蝦類、蟹類等；94年度除放流外更進行養殖輔導，種類增加鳳螺、硨磲貝、珊瑚、青嘴龍占、銀塔鐘螺等。