珊瑚是澎湖海域最重要的生物資源，尤其以造礁的石珊瑚種類居多，軟珊瑚較少。最常見的有軸孔珊瑚、表孔珊瑚、雀屏珊瑚、盤珊瑚、菊珊瑚等種類。這些由石珊瑚所建構的廣大珊瑚淺坪，孕育了魚、蝦、貝、蟹等眾多生物，因其空間具層次性，可容納更多的物種，因此成為澎湖海洋生態的最大特色。