澎湖沿近海海域的魚類相當的豐富，據水試所前分所長陳春暉博士的統計已經超過1200種。其中以硬骨魚類佔大多數，軟骨魚類的鮫、鱝、魟所佔較少，硬骨魚中又以岩礁性的魚種佔多數。

就魚種的漁獲量而言，鰺、鰹、鯖、鯊、白帶、狗母等最為可觀；底棲魚種則為鱸、鯛、笛鯛、龍占、石鱸等科較為常見；就岩礁淺水域中魚種出現的頻率而言：隆頭魚、蝶魚、雀鯛等則獨占鰲頭。夏季火繒的主漁獲則以：丁香、臭肉等鰮科；黑鱙、白鱙等鮆科；銅鏡鰺、拉洋鰺等鰺科魚種為漁獲大宗，主要是因為這些魚類都有趨光性，因此容易因為燈光的吸引而被捕獲。就沿岸定置網漁獲而言：巴鰹、紅甘鰺、鮸魚、臭肚等為最常見。