澎湖群島的海底底質多樣化，其分布地點常因海流的強弱而異，東岸海底大多數由岩礁及珊瑚礁所構成；西岸海底多為玄武岩礁；南岸鎖港至龍門之間多為細沙，風櫃至山水間則是礁石與珊瑚礁雜陳；北岸海底則以顆粒較粗的沉積砂質和礫石堆積而成，珊瑚斷株（俗稱砱仔）和貝殼類的殘骸為主要構成。