海洋有機物的污染源大多來自於陸地，大量的營養鹽隨著廢水排入海域，過高的濃度使循環平衡失控，造成藻類繁殖過剩，而藻類死亡的藻體分解時，耗去水中的氧氣，造成其它生物缺氧，優養化而形成藻華、紅潮。未能分解的藻體則產生有毒的硫化氫。污水中的農藥殘毒、殺蟲劑、多氯聯苯、重金屬（比重大於5）等，其毒性效應直接影響到水族，並可透過「生物累積」影響人類健康。