陸地上各種工程的營建改變了穩定的地貌，殘留的砂石隨著雨水的沖涮流入了大海，海域的築港、築堤、航道濬渫、抽砂等工程，都會使海中的固體懸浮粒、沈積物急速增加，破壞魚蝦的產卵場，使珊瑚共生藻行光合作用的效度降低，並可透過食物網的效應，大幅降低魚種的數量和歧異度，造成漁業資源的損失。二崁、東石、沙港曾經有過的「陰陽海」，烏崁、山水大量的抽砂，城前抽沙的抗爭，後寮人抽沙影響赤崁的丁香作業，造成兩村交惡的「巨立」事件皆可為殷鑑，沈積物的污染斑斑可考。